“校长实名推荐”自推出之日起就处在舆论的风口浪尖。这种类似于很多西方大学“校长推荐制”的录取形式，向许多做着“北大梦”的中学生敞开了一条坦途。但各种质疑接踵而至，更有人怀疑其只不过是在招生日益激烈的情况下，北大为了提前锁定优质生源的一种手段。
        就在北大推出“校长实名推荐”前不久，清华大学、上海交通大学、中国科学技术大学、西安交通大学、南京大学等五所著名高校招生部门就决定，在2010年实行“五校联考”。五所大学共同出题，高校特色测试和面试由各校自主决定，通过者，高考录取中享受30分的优惠。“‘五校联考’打破了各高校自主招生政策原有的平衡，类似于一个‘小高考’，北大明年的生源有可能因此受到影响。”正如北大的一位老师所说，各个学校的自主招生政策，或多或少地都给人以抢夺优质生源之嫌。随着2010年高招的序幕渐渐拉开，以及近年来香港高校对内地学子的吸引力越来越大，北大的这一举措难免给人以争夺生源的口实。
        此前，北大招生办曾表示，“实名推荐”将逐步影响乃至改变高考“一考定终身”的现状，其意义在于“把那些综合素质更加全面、学科特长更加突出、更适合北大培养的具有创新精神的优秀学生输送到北大接受最好的教育”。换言之，北大实行实名推荐的目的，是希望将那些“特长生”、“偏才”、“怪才”收入囊中，就像当年清华大学录取吴晗、钱钟书一样，给这些具备特殊才能和学术潜力的年轻人提供充分施展的舞台。但是，从陆续出炉的被推荐学校名单中可以看出，推荐的结果已背离了政策的本意——获得推荐权的中学本就是地方尖子生云集、应试教育最拔尖的，这些“尖子中的尖子”完全可以在高考之路上过关斩将，根本没必要再过校长推荐这一关。他们的入选，意味着北大希望招入的“吴晗们”，依然没有机会获得推荐。
        有教育专家指出，北大利用自己的名牌高校声誉，与名牌中学形成一种利益共同体，试图打造中国的精英教育。而中国的一个现实是，名牌高校、名牌中学已经拥有太多的教育资源，北大“中学校长实名推荐制”可能加剧教育失衡，助长本来就已严重的择校风，而无助于中国中等教育的均衡发展。